浙江大学建筑工程学院的前身为浙江大学土木工程学系，创建于1927年，是浙江大学建系较早的学院之一。1958年土木工程学系成立了建筑学专业；1987年建筑学专业发展为建筑学系；1981年土木工程学系所属的建筑设计室发展成为浙江大学建筑设计研究院；1990年土木工程学系、建筑学系和建筑设计研究院组建了建筑工程学院；1998年新浙江大学成立后，由原浙江大学的土木工程学系、建筑学系与原杭州大学的区域与城市规划系联合组建成新建筑工程学院。2001年环境与资源学院的海洋科学与工程系与建筑工程学院的水工结构与水环境研究所合并组建成水利与海洋工程学系。2010年，水利与海洋工程学系更名为水利工程学系。

目前，建筑工程学院由土木工程学系、建筑学系、区域与城市规划系和水利工程学系组成。